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http://www.agi.it/in-primo-piano/notizie/201301111... 
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Tutti i software hanno delle falle, è inevitabile.
Java è semplicemente il target più gettonato perché fornisce un linguaggio comune a tutti i SO ed è il plugin più diffuso assieme a quello di Flash (anch'esso soggetto alle stesse falle).
La soluzione migliore è quella di mettere NoScript e AdBlock e abilitare plugin e script sito per sito, solo se proprio serve, come faccio io.
È tedioso, rognoso, rompicazzi, a volte provoca situazioni che se non ti ricordi che hai NoScript pensi che sia il sito ad essere rotto perché qualcosa di importante non reagisce... però funziona... e non ti obbliga a disinstallare nessun plugin (è decisamente poco pratico dover reinstallare un plugi piuttosto che dire a NoScript semplicemente di attivarlo per quella pagina/sito).
Se blocchi tutti i possibili script blocchi anche il 99.9999% dei possibili attacchi e francamente, dopo aver messo in whitelist i siti di cui ci si fida e che si è soliti usare, non è nemmeno più quel gran problema perché alla fine si finisce per frequentare sempre quei siti (gmail, siti di notizie, forum...)