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Illinois, Ted Kaczynski era molto dotato intellettualmente già durante la sua infanzia. Il suo carattere era timido e riservato. Da bambino subì una grave reazione allergica ad un medicinale e dovette essere ricoverato per alcune settimane: i suoi genitori potevano visitarlo solo raramente e non era loro permesso di prenderlo in braccio. Da quel momento in poi non fu più lo stesso. Sua madre racconta che all'inizio piangeva continuamente, chiedendo il suo aiuto. In seguito divenne sempre più riservato e indifferente ai rapporti umani. A quanto pare i suoi genitori furono sempre affettuosi nei confronti suoi e del fratello minore, di nome David.

Amici e vicini notarono l'intelligenza del ragazzo e la sua tendenza a rifuggire dai rapporti sociali. Un ex vicino di Kaczynski, il dottor LeRoy Weinberg, racconta: "Lo vedevo venire su per la strada. Mi passava sempre davanti senza aprir bocca: non un cenno di saluto, nulla." "Ted è un ragazzo brillante ma assolutamente asociale... non l'ho mai visto giocare. No, no. Era vecchio prima del tempo." Alcuni esperti hanno proposto che soffrisse della sindrome di Asperger, che avrebbe potuto render ragione di tale comportamento.

All'età di 10 anni il suo quoziente intellettivo risultava di 170. Terminò la scuola superiore nel 1958, entrando così ad Harvard alla tenera età di 16 anni come studente di matematica.

Mentre era studente ad Harvard, Kaczynski prese parte ad esperimenti psicologici. Egli è menzionato in un articolo, scritto dal dottor Henry A. Murray, che lavorò all'Ufficio Servizi Strategici (Office of Strategic Services (O.S.S.) durante la seconda guerra mondiale. Murray era egli stesso una figura controversa. Tornato ad Harvard dopo la guerra fece parte di un programma di esperimenti psicologici che ha avuto luogo a partire dal 1959 fino al 1962 all'interno del quale alcuni studenti volontari erano sottoposti a test simili a quelli utilizzati dall'O.S.S. sulle reclute. Tra i volontari c'era anche il giovane Theodore, i cui avvocati hanno sostenuto la tesi per cui parte della sua instabilità emotiva sarebbe dovuta a questi test.